Das Präsidium und die Geschäftsleitung sind die strategischen Organe der GRÜNEN Schweiz. Das Präsidium wird von der Delegiertenversammlung für eine Amtsperiode von jeweils zwei Jahren gewählt. Alle Präsidiumsmitglieder sind gleichzeitig Mitglieder der Geschäftsleitung. Der Geschäftsleitung gehören zusätzlich die Generalsekretärin Regula Tschanz und Fraktionspräsident Balthasar Glättli an.